MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC plasmid pRKC30SC2

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015218	GAA	2	6	570	575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955705
2	NC_015218	TGT	2	6	624	629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
3	NC_015218	GAC	2	6	655	660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955705
4	NC_015218	GTT	2	6	697	702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
5	NC_015218	AAT	2	6	713	718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955705
6	NC_015218	CAG	2	6	836	841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955706
7	NC_015218	AAGA	2	8	889	896	75 %	0 %	25 %	0 %	325955706
8	NC_015218	ATG	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955706
9	NC_015218	AAT	2	6	992	997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955706
10	NC_015218	TGC	2	6	1233	1238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955707
11	NC_015218	CATTG	2	10	1323	1332	20 %	40 %	20 %	20 %	325955708
12	NC_015218	GC	3	6	1502	1507	0 %	0 %	50 %	50 %	325955709
13	NC_015218	AGCTTT	2	12	1571	1582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325955709
14	NC_015218	A	6	6	1593	1598	100 %	0 %	0 %	0 %	325955709
15	NC_015218	TAAA	2	8	1702	1709	75 %	25 %	0 %	0 %	325955709
16	NC_015218	ATT	2	6	1711	1716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955709
17	NC_015218	GAA	2	6	1751	1756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
18	NC_015218	ACATT	2	10	1811	1820	40 %	40 %	0 %	20 %	325955709
19	NC_015218	GC	4	8	1839	1846	0 %	0 %	50 %	50 %	325955709
20	NC_015218	AGA	2	6	1907	1912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
21	NC_015218	TA	3	6	1938	1943	50 %	50 %	0 %	0 %	325955709
22	NC_015218	CGATGC	2	12	1991	2002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325955709
23	NC_015218	ATA	2	6	2044	2049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955709
24	NC_015218	CTA	2	6	2092	2097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
25	NC_015218	TAC	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
26	NC_015218	AATT	2	8	2282	2289	50 %	50 %	0 %	0 %	325955709
27	NC_015218	TTA	2	6	2340	2345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955710
28	NC_015218	ATA	2	6	2431	2436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955710
29	NC_015218	AAG	2	6	2505	2510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955710
30	NC_015218	ACT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
31	NC_015218	CAA	2	6	2571	2576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955710
32	NC_015218	ATC	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
33	NC_015218	TGT	3	9	2594	2602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955710
34	NC_015218	GCT	2	6	2646	2651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955710
35	NC_015218	TATC	2	8	2895	2902	25 %	50 %	0 %	25 %	325955711
36	NC_015218	ACA	2	6	3009	3014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
37	NC_015218	CAAAT	2	10	3017	3026	60 %	20 %	0 %	20 %	325955711
38	NC_015218	TCA	2	6	3045	3050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955711
39	NC_015218	TGA	2	6	3117	3122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
40	NC_015218	GTC	2	6	3138	3143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
41	NC_015218	GCA	2	6	3278	3283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955711
42	NC_015218	GGAC	2	8	3362	3369	25 %	0 %	50 %	25 %	325955711
43	NC_015218	GAAA	2	8	3428	3435	75 %	0 %	25 %	0 %	325955711
44	NC_015218	A	6	6	3463	3468	100 %	0 %	0 %	0 %	325955711
45	NC_015218	TCG	2	6	3516	3521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
46	NC_015218	T	6	6	3523	3528	0 %	100 %	0 %	0 %	325955711
47	NC_015218	TTAC	2	8	3580	3587	25 %	50 %	0 %	25 %	325955711
48	NC_015218	ATTT	2	8	3589	3596	25 %	75 %	0 %	0 %	325955711
49	NC_015218	TGG	2	6	3641	3646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955711
50	NC_015218	AAAG	2	8	3688	3695	75 %	0 %	25 %	0 %	325955711
51	NC_015218	TGA	2	6	3709	3714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
52	NC_015218	CAA	2	6	3734	3739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
53	NC_015218	AAG	2	6	3774	3779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955711
54	NC_015218	GGCT	2	8	3908	3915	0 %	25 %	50 %	25 %	325955712
55	NC_015218	CGA	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
56	NC_015218	T	6	6	4126	4131	0 %	100 %	0 %	0 %	325955712
57	NC_015218	ATT	2	6	4231	4236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955712
58	NC_015218	T	6	6	4282	4287	0 %	100 %	0 %	0 %	325955712
59	NC_015218	CGA	2	6	4299	4304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
60	NC_015218	AAGTTC	2	12	4427	4438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	325955712
61	NC_015218	TAC	2	6	4450	4455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
62	NC_015218	TAC	2	6	4459	4464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
63	NC_015218	TGA	2	6	4467	4472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955712
64	NC_015218	GTTG	2	8	4491	4498	0 %	50 %	50 %	0 %	325955712
65	NC_015218	AAG	2	6	4517	4522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
66	NC_015218	AGA	2	6	4546	4551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
67	NC_015218	AGC	2	6	5016	5021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955713
68	NC_015218	GTA	2	6	5026	5031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
69	NC_015218	ATT	2	6	5064	5069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955713
70	NC_015218	GAT	2	6	5080	5085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
71	NC_015218	AGA	2	6	5127	5132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
72	NC_015218	TAC	2	6	5168	5173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955713
73	NC_015218	AAG	2	6	5236	5241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
74	NC_015218	TACC	2	8	5278	5285	25 %	25 %	0 %	50 %	325955713
75	NC_015218	AAG	2	6	5302	5307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
76	NC_015218	A	6	6	5314	5319	100 %	0 %	0 %	0 %	325955713
77	NC_015218	AAT	2	6	5459	5464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955713
78	NC_015218	CT	3	6	6009	6014	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
79	NC_015218	TAC	2	6	6061	6066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
80	NC_015218	TCA	2	6	6102	6107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
81	NC_015218	AAT	2	6	6116	6121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
82	NC_015218	TAT	2	6	6124	6129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
83	NC_015218	TCT	2	6	6151	6156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955714
84	NC_015218	TC	3	6	6245	6250	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
85	NC_015218	TTA	2	6	6280	6285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
86	NC_015218	TC	3	6	6331	6336	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
87	NC_015218	CTC	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325955714
88	NC_015218	TA	3	6	6430	6435	50 %	50 %	0 %	0 %	325955714
89	NC_015218	CAT	2	6	6436	6441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
90	NC_015218	AT	3	6	6528	6533	50 %	50 %	0 %	0 %	325955714
91	NC_015218	AATC	2	8	6571	6578	50 %	25 %	0 %	25 %	325955714
92	NC_015218	CAAAG	2	10	6602	6611	60 %	0 %	20 %	20 %	325955714
93	NC_015218	TAT	2	6	6739	6744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
94	NC_015218	TAA	2	6	6770	6775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
95	NC_015218	TTAAT	2	10	6781	6790	40 %	60 %	0 %	0 %	325955714
96	NC_015218	AAG	2	6	6806	6811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955714
97	NC_015218	TAT	2	6	6878	6883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
98	NC_015218	TTCCTT	2	12	6896	6907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955714
99	NC_015218	GAA	2	6	7077	7082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
100	NC_015218	ATC	2	6	7089	7094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955715
101	NC_015218	GAA	3	9	7144	7152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
102	NC_015218	AAT	2	6	7168	7173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955715
103	NC_015218	AGA	2	6	7179	7184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
104	NC_015218	ATG	2	6	7232	7237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
105	NC_015218	TAT	2	6	7253	7258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955715
106	NC_015218	GTG	2	6	7268	7273	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955715
107	NC_015218	GCA	2	6	7306	7311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
108	NC_015218	AGA	2	6	7357	7362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
109	NC_015218	ATT	2	6	7374	7379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955715
110	NC_015218	AT	3	6	7396	7401	50 %	50 %	0 %	0 %	325955715
111	NC_015218	ATTT	2	8	7409	7416	25 %	75 %	0 %	0 %	325955715
112	NC_015218	GAT	2	6	7570	7575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
113	NC_015218	TGG	2	6	7674	7679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955715
114	NC_015218	GAAG	2	8	7698	7705	50 %	0 %	50 %	0 %	325955715
115	NC_015218	CAG	3	9	7712	7720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
116	NC_015218	TAG	2	6	7793	7798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
117	NC_015218	CTA	2	6	7847	7852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955715
118	NC_015218	CTGACA	2	12	7859	7870	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325955715
119	NC_015218	AAG	2	6	7889	7894	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
120	NC_015218	CAG	2	6	7919	7924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
121	NC_015218	A	6	6	7971	7976	100 %	0 %	0 %	0 %	325955715
122	NC_015218	CGG	2	6	8037	8042	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325955715
123	NC_015218	AGA	2	6	8098	8103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
124	NC_015218	A	7	7	8362	8368	100 %	0 %	0 %	0 %	325955716
125	NC_015218	TCC	2	6	8393	8398	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325955716
126	NC_015218	ATA	2	6	8410	8415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955716
127	NC_015218	CAT	2	6	8454	8459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955716
128	NC_015218	AAT	2	6	8553	8558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955716
129	NC_015218	TTC	2	6	8750	8755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955716
130	NC_015218	CCG	2	6	8873	8878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325955717
131	NC_015218	ATT	2	6	8879	8884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955717
132	NC_015218	ACA	2	6	8903	8908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955717
133	NC_015218	TCA	2	6	8909	8914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955717
134	NC_015218	TCGA	2	8	8938	8945	25 %	25 %	25 %	25 %	325955717
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.